مجلس الهيئة هو السلطة المهيمنة على شؤون الهيئة وتصريف أمورها، ويشكل مجلس الهيئة على النحو الآتي:
رئيس الهيئة: رئيساً والذي يعين بأمر ملكي بمرتبة وزير.
نائب رئيس الهيئة :نائب للرئيس والذي يعين بأمر ملكي بالمرتبة الممتازة
ثمانية عشر عضواً على الأقل يعينون بأمر من الملك، لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويكونون مؤهلين تأهيلا عالياً في الشريعة أو القانون أو العلوم السياسية أو التربوية، ومشهوداً لهم بالنزاهة والكفاية والخبرة في ميدان حقوق الإنسان، ومتفرغين للعمل فيها خلال مدة العضوية.
ستة أعضاء على الأقل غير متفرغين يعينون بأمر من الملك، لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد، ويكونون معروفين باهتمامهم في ميدان حقوق الإنسان، ولهؤلاء الأعضاء حق حضور الاجتماعات دون أن يكون لهم حق التصويت.